Karya pendidikan dan pengajaran merupakan tradisi yang mulia dalam Kongregasi FIC dan sekaligus sebagai warisan berharga. Karya ini terus berupaya menanggapi tantangan dan tuntutan zaman. Karya pendidikan dipandang merupakan karya yang sangat strategis dalam mewartakan Sabda Tuhan, menghadirkan Kerajaan Allah, dan mengembangkan hidup manusia sebagai citra Allah. Di samping itu, para Bruder FIC juga memandang bahwa pelayanan dalam bidang pendidikan sangatlah berdaya guna, karena membantu masyarakat, khususnya kaum muda, dalam mewujudkan citacita dalam hidupnya.
Para bruder pertama yang diutus untuk berkarya di tanah misi datang pada tahun 1920. Mereka segera berjuang dengan tekun dan gigih dalam karya pendidikan, dengan pertamatama ingin melayani orang muda Jawa. Karya pendidikan yang dijadikan medan berkarya pun segera tumbuh di Yogyakarta, Muntilan, Surakarta, Ambarawa, Semarang, dan juga di Boro.
Sampai dengan tahun 1950an, karya para Bruder FIC dalam bidang pendidikan masih menginduk kepada Yayasan Kanisius. Bahkan seorang bruder, yakni Br. Urbanus Bionda, diperbantukan untuk memegang administrasi Yayasan Kanisius. pada tanggal 6 Oktober 1954, Yayasan Pangudi Luhur didirikan dengan akta notaris nomor 16, oleh Notaris bernama Tan A Sioe. Nama “PANGUDI LUHUR” dirumuskan dalam salah satu rapat Dewan Misi oleh Br. Petrus Claver. (Pendirian yayasan ini didaftarkan dalam register umum di Kepaniteraan Pengadilan Semarang pada tanggal 8 Januari 1997, nomor: 01/1997/II).
Tahap selanjutnya adalah serah terima sekolah antara Yayasan Kanisius dengan Yayasan Pangudi Luhur. Berkaitan dengan kementerian, baru pada tanggal 1 Agustus 1955 sekolahsekolah tersebut diserahkan kepada Pengurus Yayasan Pangudi Luhur. Pemisahan ini di satu pihak sungguh meringankan beban Kanisius. Di pihak lain, para Bruder FIC, dengan Yayasan Pangudi Luhur, dapat mengelola sekolah-sekolah secara mandiri. Bruder FIC dapat menentukan arah dan kebijakan atas karya pendidikan sesuai dengan yang digariskan oleh kongregasi. Para bruder dapat menerapkan spiritualitas yang dihidupi dalam mengelola karya pendidikan serta mewujudkan kekhasan komunitas pendidikan berlandaskan nilai-nilai kristiani. Dalam waktu singkat, nama “Pangudi Luhur” sudah dikenal dan sekolah-sekolah Pangudi Luhur mempunyai reputasi yang baik.
Yayasan Pangudi Luhur mengelola 79 sekolah Pangudi Luhur meliputi KB, TK, SD, SMP, SMA/SMK, SLB/B. Sekolah-sekolah tersebut menyebar di sembilan perwakilan, yaitu: Semarang, Ambarawa, Muntilan, Yogyakarta, Klaten, Surakarta, Jakarta, Sumatera Selatan, dan Kalimantan Barat. Yayasan Pangudi Luhur Pusat bersama dengan Perwakilan menyelenggarakan pendidikan manusia seutuhnya agar menjadi cerdas secara intelektual, emosional, sosial, dan spiritual termasuk di dalamnya pendidikan karakter dan cinta lingkungan. Hal itu semua dilakukan dalam kerja sama dengan mitra kerja dan semua orang yang berkehendak baik, dengan berlandaskan ideologi negara Pancasila serta nilai-nilai Kristiani dan spiritualitas Allah adalah Kasih.